Struktur Keorganisasian HISYAM terdiri atas:
Majelis Tinggi Organisasi:
- Penanggungjawab (Mudir Ma’had & Pengurus Bidang Kesantrian)
- Dewan Penasihat (Murabbi / Pengurus Ma’had Bidang Kerumahtanggaan)
- Dewan Pembina (Musyrif/ah Ma’had)
Pengurus Organisasi:
- Presiden Santri
- Wakil Presiden Santri
- Staf Khusus Presiden
- Staf Ahli Keprersidenan
- Walikota Komplek
- Wakil Walikota Komplek
